Granskningen av Apple möter flera frågor, inklusive om teknikjätten blockerar bolag från att informera sina användare om billigare alternativ för produkter eller om prenumerationer utanför appbutiken App Store.
"Vi har ett antal Apple-problem, jag tycker att de är mycket allvarliga. Jag blev mycket förvånad över att vi skulle ha sådana misstankar om att Apple inte följer reglerna", sade Vestager till CNBC.
Enligt Vestager väntas slutsatserna från utredningen kunna bli presenterade "förhoppningsvis snart".
Apple har inte hunnit ge än kommentar på uttalandet.
Aktuellt
SENASTE
