Cook lyfte att Apples integritetskrav i App Store skyddar användare och att datahungriga bolag inte kan spåra användare bortom deras vilja - men att detta kan riskeras via andra appbutiker.
Företagsledaren citerade exempelvis rapporter om farliga appar på Androids operativsystem.
Kritiker har hävdat att Apple använder App Store till sin fördel genom att ta en del av de finansiella transaktionerna som sker i appar. Vissa lagstiftare i EU har velat se sidoladdning som krav i Digital Markets Act men lagstiftningen är ännu inte färdigställd.
Konkurrenten Android, som ägs av Google, tillåter idag sidoladdning men också andra appbutiker än den egna Play Store, exempelvis Samsung Galaxy Store.