"Jag är helt enkelt extremt orolig för att den finansiella smittorisken ska gå överstyr och orsaka allvarlig ekonomisk skada och svårigheter", sade Ackman i en intervju med Businessinsider.
Han menar vidare att storbankernas förtroendeuppvisning inte har tagit itu med grundproblemet - bristen på förtroende för banksystemet.
Istället efterlyser Ackman en tillfällig, systemövergripande garanti för alla amerikanska insättningar, eftersom han anser att detta skulle stärka förtroendet för långivarna och motverka "bank runs".
Ackmans lösning på längre sikt är att höja taket för insättningsgarantin från den nuvarande nivån på 250 000 dollar och att ta ut högre avgifter av mindre kreditvärdiga banker för att uppmuntra dem att agera ansvarsfullt.
Miljardären lovordar First Republic Bank som en sund och välskött långivare som inte bör klandras för sina nuvarande utmaningar.
"Det är inte deras fel att de har hamnat i en 'bank run'. De förtjänar inte att misslyckas", sade Ackman.