Exportförbudet gäller brittiskt-svenska Astra Zenecas vaccin och den senaste konflikten sägs gälla vaccindoser som tillverkas vid en anläggning i Nederländerna. En EU-tjänsteman har sagt till Reuters att dessa bör distribueras bland medlemsländer i stället för att levereras till Storbritannien.
Storbritanniens hälsominister Helen Whately har uppmanat EU om att bevara ett tidigare åtagande att inte erlägga restriktioner på vaccinexporter och varnat mot "vaccinnationalism".
EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen har tidigare påpekat att 41 miljoner doser har exporterats från EU till 33 länder under sex veckor, varav mer än 10 miljoner gått till Storbritannien. Samtidigt väntar EU fortfarande på doser från Storbritannien.
Enligt artikel 122 inom ett EU-avtal kan vissa åtgärder tas om "allvarliga problem uppstår vid tillförseln av vissa produkter".