Anklagelserna rör bland annat stormningen av myndighetsbyggnader i Brasilia i januari 2023 och försök att giftmörda nyvalda presidenten Lula da Silva samt den tillträdande vicepresidenten Geraldo Alckmin och en domare i Brasiliens Högsta domstol, Alexandre de Moraes.
Ärendet har överlämnats till Högsta domstolen, som avgör om Bolsonaro ställs inför rätta.
Bolsonaro, som befann sig i USA under stormningen, förnekar inblandningen men anklagas ändå för att ha varit anstiftare, enligt CNN Brasil.