Uppgörelsen följer den utredning som inleddes efter att 160 Chipotle-anställda och facket lämnat in klagomål mot företaget.
Utredningen visade på att Chipotle gjorde överträdelser av New York Citys lag om betald sjuk- och trygghetsledighet samt av lagen om rättvisa arbetsveckor.
I förlikningen fastställs att alla som arbetat som timanställda för Chipotle i New York City ska få 50 dollar för varje arbetsvecka mellan 26 november 2017 och 30 april 2022. Tidigare anställda måste lämna in ett krav för att få utbetalningar.