Uppgörelsen på 30 miljarder dollar har motsatts av många handlare och handelsgrupper, som menar att kortavgifterna skulle förbli för höga samtidigt som Visa och Mastercard skulle behålla stor kontroll över korttransaktionerna.
Domarens beslut tvingar nu kortbolagen att antingen förhandla fram en uppgörelse som är mer gynnsam för handlarna, eller att gå till rättegång.