Flygbolaget har gått med på att sluta sälja ytterligare biljetter fram till 11 augusti men kommer fortsätta med sina befintliga flygningar.
Emirates har tidigare sagt att de inte skulle följa det tak om 100 000 passagerare per dag som Heathrow satt. Flygbolagen ombads att sluta sälja biljetter, en åtgärd Emirates inledningsvis vägrade att uppfylla.
"Emirates kom överens om att flygbolaget var redo och villigt att samarbeta med flygplatsen för att åtgärda situationen under de kommande två veckorna, för att hålla efterfrågan och kapacitet i balans och ge passagerarna en smidig och pålitlig resa genom Heathrow i sommar", sade företagen i ett gemensamt uttalande sent på fredagen.