Om kommissionen i slutändan beslutar att en överträdelse har ägt rum kan det leda till böter mot Microsoft på upp emot tio procent av dess globala intäkter.
Microsoft har tidigare vidtagit åtgärder för att separera Teams från Microsoft 365, men dessa ska ha varit "otillräckliga", enligt kommissionen. Man anser att bolaget måste göra fler ändringar för att återställa konkurrensen.
Microsoft har sagt att det tänker jobba på att hitta lösningar som kan stilla kommissionens fortsatta oro.
Utredningen initierades av EU förra sommaren efter anklagelser från Salesforce-ägda Slack, som är en rival till Teams.