Den 9 september introducerade Storbritannien ett lagförslag vid namn United Kingdom Internal Market Bill som skulle uppenbart bryta mot protokollet om Irland och Nordirland.
"Den brittiska regeringen har misslyckats med att dra tillbaka de omtvistade delarna av lagförslaget, trots Europeiska unionens önskemål", skriver kommissionen.
Därför anses man bryta mot artikel 5, varför EU nu inleder en legal process som kan resultera i en stämning.
Storbritannien har till slutet av denna månad på sig att svara.
EU-kommissionens ordförande Ursula von der Leyen uttrycker i en kommentar att unionen står fast vid sina åtaganden.