Tullarna varierar mellan 34,4 procent och 233,3 procent och kommer att tas ut retroaktivt från den 7 juni i fjol. Dessa träder i kraft på fredag och gäller i fem år.
Erytritolmarknaden inom EU beräknas ha ett värde på cirka 30 miljoner euro årligen. Produkten används främst som sötningsmedel i livsmedel och drycker, ofta som ett alternativ till socker.
Beslutet kan ses som en ytterligare upptrappning i handelsrelationen mellan EU och Kina då EU tidigare infört liknande tullar på elbilar från Kina, vilket skapat ömsesidiga åtgärder från Kina, skriver nyhetsbyrån.