Easyjet uttryckte frustration över problematiken, medan Ryanairs chef Michael O'Leary uppmanade Nats vd att avgå.
"Det är oacceptabelt att fler flygningar och hundratals passagerare drabbas av förseningar till/från Gatwick Airport på grund av Nats vd Martin Rolfes uppenbara misslyckande att bemanna", sade O'Leary.
Störningarna kommer drygt två veckor efter att ett tekniskt problem hos Nats ledde till att 2 000 flyg ställdes in över hela Storbritannien.