Huberty tror att det kan belasta affärsområdet Services omsättning med 560 miljoner dollar, vilket skulle ge en sänkning med 3,2 procent på prognosen om 20,09 miljarder dollar i intäkter för affärsområdet.
Enligt data från Sensor Tower visade App Store en tillväxt på 4 procent i årstakt i maj.
Apples aktie har gått ned med 2,2 procent i förhandeln.