Såväl centralbanken och regeringen i Japan har försökt korrigera yenens svaghet mot dollarn genom åtgärder på valutamarknaden sedan 2022.
"Som vi har sagt, Japan styr inte yenen lägre", säger Katsunobu Kato.
Även premiärminister Shigeru Ishiba uppgav att Japan inte ägnar sig åt sådan politik. Han tillägger även att han inte fått något telefonsamtal från Trump, och därmed inte heller någon officiell varning.