Suga ska ha sagt att han lämnar för att kunna koncentrera sig på att bekämpa covid-19. Enligt honom är det svårt att koncentrera på både detta och det kommande parlamentsvalet.
Suga tog över i september förra året då hans företrädare Shinzo Abe avgick på grund av hälsoskäl.
Beskedet om Sugas avgång har lyft Nikkei 225-index på fredagen.