Några av Trumps mest högljudda anhängare har uttryckt oro för att Thune inte ska gå med på att arbeta för en del av Trumps kampanjlöften.
Då han meddelade under presidentvalet att han stöder Trump fick detta många att höja på ögonbrynen, enligt CNBC.
- Det här Republikanska teamet är enat bakom president Trumps agenda, och vårt arbete börjar i dag, sa Thune i ett uttalande efter valet till senaten.
Thune, som har nära band med flera kolleger och en bakgrund som evangelisk kristen, ses som en erfaren lagstiftare. Han har förespråkat bibelstudier för kongressmedlemmar och betonat ett ansvar inför Gud.