Uppgörelsen som ingicks såg Boeing gå med på att anta ett regelefterlevnadsprogram vilket förhindrade bolaget från att vilseleda myndigheter, inklusive luftfartsmyndigheten FAA.
Uppgörelsen gäller i tre år, varefter åtalet skulle avskrivas. Alaska Air-incidenten inträffade två dagar innan uppgörelsen gick ut.
Justitiedepartementet har sex månader på sig att avgöra om Boeing har uppfyllt villkoren i avtalet och måste ansöka om domstolens godkännande för att avskriva ärendet.
Både Boeing och justitiedepartementet har avböjt att kommentera.
Under onsdagen ställde FAA även ett ultimatum till Boeing och gav bolaget 90 dagar på sig att ta fram en plan för att åtgärda man vad kallade "systematiska" kvalitetskontrollproblem.