Li Shangfu är den andra ministern som fått sluta på kort tid efter att Xi Jinping inlett sin tredje mandatperiod som president i oktober förra året. I somras ersattes också utrikesminister Qin Gang av sin föregångare Wang Yi.
Enligt CCTV har kommittén nu också valt att plocka bort Qin Gang från rollen som statsråd.
Vidare har kommittén utnämnt Lan Foan till finansminister, och Yin Hejun till minister för vetenskap och teknik.