Räntan på femåriga yen-depositioner kommer också att höjas till 0,07 från 0,002 procent.
MUFG är den första långivaren som meddelar att man höjer räntan.
Beslutet kommer några dagar efter att Bank of Japan valde att ta ett nytt steg ifrån sin politik om ultralätta stimulanser. Centralbanken har justerat sin policy och ser numera på taket på 1 procent för 10-åriga statspapper som en lös övre gräns snarare än ett strikt tak.