"Gilead har avslöjat och stoppat ett komplext och kriminellt företag som distribuerar förfalskade Gilead HIV-läkemedel genom den legitima amerikanska leveranskedjan", sade talesmannen.
I flera fall ska burkarna ha innehållit fel piller, inklusive ett receptfritt smärtstillande läkemedel och ett antipsykotiskt läkemedel, hävdade företaget.
I juli lämnade Gilead in en stämningsansökan, men det var först på tisdagen som fallet öppnades.