I januari rapporterade Novavax resultat från tre kliniska studier som visade att vaccinets effektivitet uppnådde 86 procent mot den brittiska variationen men enbart 60 procent mot den sydafrikanska varianten.
Madhi uppger att Novavax effektivtet för varianten och svår sjukdom mer sannolikt är över 85 procent.
"Sydafrika borde definitivt följa Novavax-vaccinet. En 60 procentig effektivitet mot mild till moderat infektion är förmodligen det bästa du kan få med något vaccin", sade professorn och tillade att Astra Zenecas vaccin inte har effektivitet mot varianten och att Johnson & Johnsons effekt hittills är okänd.
"Att förebygga mild sjukdom är mycket svårare än att förebygga svår sjukdom", sade han.