Åklagarmyndigheten hävdar att brott, däribland bedrägeri, penningtvätt och förfalskning, har begåtts sedan 2014. Tre andra personer har gripits.
Avstängningen träder i kraft med omedelbar verkan, säger hans advokat.
Vieira omvaldes till president i slutet av förra året som högsta chef för landets mest populära fotbollsklubb.