Vidare avgår också finansminister Rishi Sunak. Han skriver i sitt avskedsbrev att oenighet kring styrning av landet är orsaken till avhoppet.
Det finns inga tecken på att premiärminister Boris Johnson är på väg att avgå.
Ersättarna för Sunak och Javid har redan utsetts. Steve Barclay blir ny hälsominister medan tidigare utbildningsministern Nadhim Zahawi tar över som finansminister och ersätts av Michelle Donelan.
Storbritannien är en av Europas största ekonomier.