Uber sade i ett uttalande att det var besviket över beslutet och att man tidigare hade lagt fram förslag för att hantera Taiwans konkurrensfarhågor.
Foodpanda ägs av tyska Delivery Hero, som säger att Uber kan välja att överklaga beslutet eller avsluta affären.
Ubers förvärv av Foodpandas taiwanesiska enhet på 950 miljoner dollar aviserades i maj.
Aktuellt
SENASTE
