Uppsägningarna rör enhetens finanschef, vicepresident för kontrakt och chefsjurist och tillkännagavs i ett internt mail den 28 januari. Avdelningens president Wesley Kremer beskriver situationen som en "betydande förändring", utan att nämna anledningarna bakom avgångarna.
En ny finanschef förklaras ha tillsatts, men de andra positionerna är fortfarande vakanta.
Händelsen kommer samtidigt som Raytheon står inför en utredning av det amerikanska justitiedepartementet, gällande bolagets kostnadsrapportering och andra ekonomiska frågor som involverar försvarskontrakt inom missildivisionen.
Raytheon producerar några av försvarsdepartementet Pentagons främsta vapen. Företagets vice president inom IR, Jennifer Reed, har uppgett att man satt av 290 miljoner dollar för ett eventuellt skadestånd.