Avbokningen kommer efter att allt fler spelare haft invändningar mot en av huvudkaraktärerna i spelet. Bolaget har i ett brev till den japanska spel-communityn sagt att man vet att det är "en fråga om debatt och diskussion".
Assassin’s Creed Shadows är planerat att lanseras i november.
Ubisofts aktie är ner 33 procent sedan slutet av augusti, dels på grund av oron kring ovannämnda spelet, men också efter en svag initial försäljning av spelet Star Wars Outlaws.