“Det här är ett av de största försöken att attackera Moskva med drönare någonsin”, sade Sobyanin i meddelandeappen Telegram tidigt under onsdagsmorgonen.
Inga personer eller byggnader ska ha skadats enligt preliminär information, sade Sobyanin.
Ukraina har ofta avfyrat en eller två drönare riktade mot Moskva under de senaste månaderna, utan att orsaka några större skador.