Aktien rasade 11,9 procent i efterhandeln.
Nippons Steels planerade förvärv av US Steel har varit en lång följetong i amerikansk politik som inleddes för några år sedan.
US Steel har själva sagt att affären är viktig för deras verksamhet. Kritiker säger att den skadar den nationella säkerheten.
De senaste kommentarerna från Trump går emot vad hans administration tidigare sagt.