Barclays skriver att utredningen inte funnit att Staley varken sett eller varit medveten om Epsteins påstådda brott, vilket var anledningen till varför banken backade upp Staley. Styrelsen och Staley har dock kommit överens om att han avgår.
Styrelsen beskriver att man besvikna över utfallet.
Den som efterträder Staley blir C.S. Venkatakrishnan, chef för globala marknader på Barclays och föredragen vd-kandidat i successionsplaneringen, enligt banken.
Epstein var en hedgefondprofil som anklagades för pedofili och människohandel med minderåriga flickor som utnyttjats för prostitution. Han begick självmord innan en dom fastställdes mot honom.
Staley har varit vd för Barclays sedan december 2015.