Han varnar också för att trenden med lokala fastighetsbubblor är "allvarlig".
Företag som ställer in sina betalningar på räntor har ökat successivt i Kina de senaste åren. Förra året uppgick nivån till 14 miljarder dollar, enligt Institute of International Finance. Bankerna förlängde också nya lån om totalt 3 biljoner tollar förra året, enligt Kinas folkbank (People's Bank of China).
Shuqing varnade också för förluster inom finansiella derivat och för stigande antal Ponzi-bluffar.
Flera fastighetsutvecklare i Kina har under torsdagen fallit på börsen efter kommentarerna.
Aktuellt
SENASTE
