Under senaste månaderna har FTC utvidgat fokus och omfattar nu även problem med omdirigeringen av betalningar som beror på nätverkens säkerhetstokens, enligt personerna som ej kunde fastställa om det är en ny undersökning eller en del av tidigare.
Bolagen är de två största kortnätverken i USA. Deras andel på marknaden har lett till ökad granskning. Enligt lag måsta handlare ha möjlighet att välja mellan minst två icke anslutna nätverk för betalkort för att dirigera transaktioner.
En utredning från justitiedepartementet om huruvida Visa olagligt behållit en dominerade marknadsandel för betalkort pågår också, enligt personer bekanta med saken.
När ett kort lagras i en digital plånbok ersätts det 16-siffriga kortnumret av en "säkerhetstoken", i huvudsak en rad slumpmässiga siffror. En token tillhandahålls vanligtvis av det nätverk som anges på kortet, oftast Visa eller Mastercard.
FTC undersöker om Visa och Mastercard har begränsat den information de skickar när de gör det möjligt för en onlinebetalning att gå över ett annat nätverk, sade personerna.
FTC undersöker också om Visa och Mastercard begränsar valmöjligheterna när kunderna lagrar sina kortuppgifter.