Åtgärden kommer efter att ministeriet också agerat på måndagen, då i större omfattning. Den gången köptes det yen för hela 6 biljoner yen efter att valutan fallit under 160,245 per dollar för första gången sedan april 1990.
Finansministeriet har båda gångerna avböjt att kommentera om de låg bakom yenens förstärkning, men har uttryckt sin beredskap att vidta åtgärder för att korrigera oordnade rörelser.
En alltför svag yen riskerar att höja inflationen i Japan eftersom det gör importen dyrare. Samtidigt ger det en extra skjuts åt exportinriktade bolag.