Vänsterledaren Jean-Luc Mélenchon fick 21,7 procent av rösterna och den högernationalistiska kandidaten Éric Zemmour plockade 7 procent av stödet.
Den andra valomgången hålls den 24 april.
- Inget är avgjort ännu, sa Macron under söndagskvällen.
Marine Le Pen uttryckte tacksamhet över stödet.
- Det franska folket har talat och ärat mig med att kvalificera mig till den andra omgången, mot den sittande presidenten. Låt mig uttrycka min djupaste tacksamhet till de miljontals väljare som gett mig sitt förtroende, sade Marine Le Pen under sin valvaka.
Enligt en första opinionsundersökning beställd av fransk public service spås Macron vinna den avgörande omgången om två veckor, med knapp marginal på 54 procent, skriver SVT.