Michael Niggemann, som ansvarar för personalfrågor, kommer att ta över Steenbergens roll på tillförordnad basis.
Två nya medlemmar till ledningsgruppen är Dieter Vranckx, vd för schweiziska dotterbolaget, och Grazia Vittadini som tidigare var teknikchef på Rolls-Royce.
Efter ändringarna kommer Lufthansas ledningsgrupp att ha krympt från sex till fem personer.