USA vill att länderna ska försonas mot bakgrund av hoten från Nordkorea och den kinesiska aggressionen mot Taiwan efter Pelosis besök.
"Förr var vi tvungna att frigöra oss från den politiska kontroll som det kejserliga Japan påtvingade oss så att vi kunde återvinna och försvara vår frihet", sade Yoon. "I dag är Japan vår partner när vi möter gemensamma hot som utmanar världsmedborgarnas frihet".
Analytiker menar att Yoon tog ett steg närmare Japan genom att kalla landet för partner som delar universella värderingar. De påpekade dock även att Yoons uttalande saknade detaljer.