John Deere har tidigare meddelat att man planerar att flytta produktionen av vissa modeller till Mexiko, vilket har lett till uppsägningar vid fabriker i Iowa.
"Det skadar våra bönder. Det skadar vår tillverkning", sa Trump under mötet.
Det är första gången som Trump nämner Deere & Company. Tidigare har han attackerat fordonssektorn i stort, vilket han även gjorde under gårdagen.
Deeres aktie noterades ned 1,5 procent i efterhandeln.