Khan sägs ha stora möjligheter att i framtiden ta över som vd för UBS eftersom enheten för förmögenhetsförvaltning är bankens viktigaste vertikal och därför är ett viktigt steg i hierarkin.
"Vår verksamhet har aldrig varit i bättre form, och med vår ambitiösa tillväxtstrategi på god väg, är det dags att gå över till nästa kapitel", skrev Khan och en annan medarbetare i ett memo enligt Financial Times.
Enheten som han nu kommer att leda förvaltar mer än 3 biljoner dollar i tillgångar.