Avtalet gäller till andra halvåret 2024 och är Carbiotix första med ett stort probiotikaföretag.
Kunden, som omsätter mer än en miljard euro, vill vara anonym på grund av konkurrensskäl.
"Med tanke på det växande globala intresset för synbiotika har detta avtal potential att öka Carbiotixs totala adresserbara marknad från 1 miljard euro till upp till 5 miljarder euro", skriver Carbiotix.