"Vår preliminära ståndpunkt är att Apple inte fullt ut tillåter styrning. Styrning är avgörande för att säkerställa att apputvecklare är mindre beroende av gatekeepers appbutiker och för att konsumenter ska bli medvetna om bättre erbjudanden", säger vice ordförande Margrethe Vestager, som även ansvarar över konkurrensfrågorna.
I mars bötfälldes Apple på 1,8 miljarder euro av EU för att ha brutit mot regler när de inte informerade användare av Apple Music om att det fanns billigare alternativ.
Kommissionen har nu även inlett en ny utredning om bristande efterlevnad av Apples nya avtalsvillkor för utvecklare.
Apple har nu möjlighet att svara på kommissionens preliminära ståndpunkt och beslut väntas komma tidigast i mars 2025.