Novo ger Embark en förskottsbetalning på 15 miljoner euro, samt kan senare behöva betala ut ytterligare 456 miljoner euro beroende på om Embark uppfyller milstolpar kring kliniska program och kommersialisering.
Utöver förvärvet framgår det också att bolagen inleder ett treårigt strategiskt forskningssamarbete.
Novo meddelade i förra veckan att dess viktminskningsläkemedel Wegovy även fungerar mot hjärtsvikt hos överviktiga personer. Förvärvet av Embark kan tänkas hjälpa det behålla en framträdande position.
Embark bildades 2017 när det knoppades av från Köpenhamns universitet.