Privatflygplanet, som var av modellen Embraer legacy, var på väg från Moskva till S:t Petersburg.
Det är inte känt varför planet störtade. Det befann sig i luften i 30 minuter innan det fattade eld och slog ned i marken.
Jevgenij Prigozjin har varit osynlig sedan kuppförsöket i Ryssland under midsommarhelgen, men dök nyligen upp i en video på Telegram där han poserade i ett ökenlandskap iklädd kamouflagemundering och med ett vapen i händerna. Militärledaren uppgav då att han var i Afrika för att göra "Ryssland större på alla kontinenter och Afrika mer fritt".