En person ombord omkom och tre skadades, uppger litauiska räddningstjänsten. Räddningstjänsten söker efter den fjärde besättningsmedlemmen.
Tolv personer evakuerades från det drabbade huset, men inga skador rapporteras på marken.
Räddningstjänsten har släckt en brand på olycksplatsen, och delar av området är avspärrat.
Orsaken till olyckan är ännu okänd, och polis och åklagare utreder händelsen. Enligt litauiska myndigheter finns inga tecken på explosion före kraschen, men möjligheten för terrorism utesluts inte.
DHL och Boeing har ännu inte kommenterat händelsen. Leipzigs flygplatsoperatör, Mitteldeutsche Flughafen AG, har avböjt att kommentera kraschen, enligt Reuters.