Departementet har också bett om ett klargörande från Whatsapp om sitt datadelningsavtal med Facebook och andra kommersiella företag och frågat varför användare i EU är undantagna från den nya policyn medan användare i Indien inte har något annat val än att acceptera.
"En sådan särbehandling av indiska användare betraktas som allvarligt av regeringen" ska departementet ha skrivit till Whatsapp enligt Techcrunch.
Tidigare i januari ska Whatsapp ha bett om användarnas tillåtelse att dela med sig av personlig information som telefonnummer och plats.