Enligt ministeriet var det civila fartyget utanför Djiboutis kust för att hålla området fritt från pirater. Attacken håller på att utredas, sade en talesperson för ministeriet.
AP rapporterar samtidigt att fartyget tros vara en bas för Irans paramilitära grupp, Islamiska revolutionsgardet, som hjälper Huthi-rebellerna i Jemen.