I januari meddelade bolaget att man skär ner på 10 000 jobb, motsvarande strax under 5 procent av arbetsstyrkan.
"Vi kommer att behålla vår budget för bonusar och aktietilldelning även i år, men vi kommer inte att överfinansiera i samma utsträckning som vi gjorde förra året, utan föra den närmare våra historiska genomsnitt", skrev Nadella i mejlet.
Microsoft har inte kommenterat uppgifterna.