Konflikterna om skuldpolitiken kan också komma att intensifieras inom eurozonen, bedömer Ifo-toppen som pekar på den höga skuldsättningen i stora ekonomier inom unionen såsom Frankrike och Italien.
Fuest pekar också på reaktionen på kapitalmarknaderna där en ökning av ränteskillnaderna mellan Tyskland å ena sidan och Frankrike och Italien å andra sidan inträffat.
Det svagare resultatet för de gröna och SPD gör dock koalitionsregeringens arbete tuffare, bedömer han. Han anser emellertid inte att valresultatet ska ses som ett misslyckande för den tyska koalitionsregeringens ekonomiska politik.
"Jag skulle inte hålla med om en sådan generalisering. Ett problem är förvisso att regeringen inte ger intryck av att ha en övertygande och gemensam ekonomisk-politisk strategi för att möta de ekonomiska utmaningar som ligger framför oss. Resultatet kan säkert också förklaras av att många människor avvisar det sätt på vilket ekonomin håller på att omvandlas, som de gröna förespråkar."
Fuest efterfrågar en ärlig dialog om hur man ska hantera utmaningarna inom flera områden. Den som säger till befolkningen att minskade koldioxidutsläpp i Tyskland inte kommer att kosta något, att det kommer att leda till en ekonomisk boom eller förhindra katastrofala översvämningar bör inte bli förvånad om förtroendet minskar, uppger Fuest.
Han spår också att det blir förändringar i Green Deal i EU.
"Den kommer förmodligen inte att fortsätta i sin nuvarande form. Det kan vara positivt för affären, förutsatt att alltför byråkratiska och ineffektiva delar av Green Deal dras tillbaka, till exempel reglerna för hållbar finansiering eller kraven på hållbarhetsrapportering."