"Morgonens åtgärder vidtogs mot bakgrund av trovärdiga underrättelser om förestående storskaliga terroristaktiviteter", sade Pakistans utrikesdepartement.
Pakistans agerande kommer två dagar efter att Iran attackerat en sunnimuslimsk extremistgrupp Jaish al-Adl (Rättvisans armé) på pakistansk mark. Gruppen har tidigare utfört attacker i Iran. Det hela togs inte emot väl av Pakistan som valt att ta hem sin ambassadör från Teheran.
Enligt iranska medier har tre kvinnor och fyra barn dödats i samband med Pakistans attack. Attackerna ska ha utförts med missiler och drönare.