Kännedom om kartellen kom från Deutsche Bank som valde att agera visselblåsare. En utredning initierades 2017 och såg den tyska storbanken slippa en avgift på nästan 156 miljoner för sin hjälp.
"Pålitliga och välfungerande marknader för obligationshandel är avgörande inte bara för de nationella myndigheter som emitterar obligationer utan också för de investerare som köper och handlar", sade Didier Reynders, ansvarig inom EU för konkurrensfrågor.
Rabobank uppger att man har samarbetat med kommissionen under hela undersökningen och är besviken över utfallet. Banken, som redan reserverat bötesbeloppet i bokslutet för 2022, överväger att lämna in ett överklagande.