Domstolen menar dock att de argument som angavs kring kopplingen mellan insolvenskostnader och avbokade eller ombokade flyg var för svaga.
Condor kommer dock inte behöva betala tillbaka stödet direkt till följd av coronapandemin, vilket också kommer bero på ett nytt beslut från EU-kommissionen.
Det markerar Ryanairs tredje framgångsrika överklagan kring statsstöd för en konkurrent.