Det uppges också att Shopify kommer erhålla ett ägande på 13 procent i Flexport som ett led i affären.
Bakgrunden till varför Shopify gör affären är för att man har insett att det går att erbjuda logistiktjänster mer effektivt ihop med Flexport, än att utveckla erbjudandet på egen hand. Det uppgav bolagets direktör Harley Finkelstein i en intervju med CNBC.
"Detta gör det möjligt för Flexport att göra det de är bäst på, och Shopify kan återgå till det vi är bäst på, nämligen att bygga fantastisk programvara för e-handel", sade Finkelstein.
Shopify kommer senare under torsdagen att presentera sina senaste kvartalssiffror.